Lesiak był od lat 70. funkcjonariuszem komunistycznej bezpieki. Zajmował się rozpracowywaniem opozycji demokratycznej, m.in. Jacka Kuronia i Jarosława Kaczyńskiego. W 1990 r. nie przeszedł weryfikacji, ale ostatecznie trafił do Urzędu Ochrony Państwa.
Po wyborach w 1991 roku Lesiak razem z Piotrem Niemczykiem, Jerzym Koniecznym oraz Konstantym Miodowiczem trafili do nieformalnego zespołu w MSW, którego zadaniem było "przewidywanie możliwych konfiguracji politycznych mogących stworzyć rząd".
W latach 1992–1995 Lesiak nadzorował akcje mające na celu dezintegracje polskich partii politycznych, które przeciwne były polityce Lecha Wałęsy i rządu Hanny Suchockiej.
Jan Lesiak znany był przede wszystkim ze sprawy tzw. szafy Lesiaka, w której przechowywane były opracowane przez jego zespół dokumenty wytworzone podczas inwigilacji przywódców prawicy. Sprawę "szafy" ujawnił Zbigniew Siemiątkowski, minister-koordynator służb specjalnych w rządzie Włodzimierza Cimoszewicza.
We wrześniu 2006 roku rozpoczął się proces Lesiaka. Oskarżono go o przekroczenie w latach 1991–1997 uprawnień, m.in. przez stosowanie technik operacyjnych i źródeł osobowych wobec legalnie działających partii politycznych, za co groziło mu do trzech lat więzienia. W pierwszej instancji Sąd Okręgowy w Warszawie umorzył postępowanie ze względu na przedawnienie karalności czynu. Uznał zarazem, że Lesiak złamał prawo, przekraczając swoje uprawnienia, dezintegrując legalnie działające partie polityczne.
Lesiaka podejrzewano także o sfałszowanie w latach 90. teczki Jarosława Kaczyńskiego. Sprawa była przedmiotem osobnego dochodzenia prokuratorskiego, które umorzono w 2008 roku z powodu przedawnienia.
Jan Lesiak zmarł w poniedziałek w Warszawie. Miał 75 lat.