Po rozpoczęciu niemieckiej ofensywy na Wschód i ataku na Związek Sowiecki (czerwiec 1941), idące za Wehrmachtem, niemieckie specjalne oddziały likwidacyjne Einsatzgruppen rozpoczęły eksterminację ludności żydowskiej na terenach, które dotąd anektował Związek Sowiecki. Żydom zarzucano współpracę z sowietami, co miało być pretekstem do ich likwidacji. 29 czerwca 1941 r. szef SD (Sicherheitsdienst – Służba Bezpieczeństwa), Reinhard Heydrich wydał dyrektywę o prowadzeniu wojny na terenie ZSRR, w której instruował o zachęcaniu miejscowej ludności do dokonywania samosądów i pogromów Żydów, w celu „oczyszczenia z Żydów nowych terenów”. Propaganda niemiecka podsycała antyżydowskie nastroje. W niektórych rejonach niechęć do Żydów rosła.
- Podczas narady z tymczasowymi władzami miasteczka – burmistrzem i radnymi miejskimi – pojawił się pomysł, żeby miejscowych Żydów spalić. Zapewne zasugerowali to Niemcy, choć nie mamy co do tego pewności. Według relacji, ta odprawa odbyła się przed dniem zbrodni. Przyjazd chłopów z okolicznych wsi też potwierdza, że decyzje zapadły wcześniej. – mówi dr Krzyszof Persak z IPN i PAN w rozmowie z Tomaszem Wiścickim (Muzeum Historii Polski).
Krótko przed 10 lipca niektórzy spośród mieszkających w okolicach Jedwabnego Żydów zostali ostrzeżeni, że może wydarzyć się coś złego. 10 lipca 1941 r. od rana wielu Żydów zostało spędzonych na rynek w Jedwabnem, gdzie bito ich i poniżano. Doszło wówczas do pierwszych morderstw - kilku Żydów zginęło. Podczas wypędzania Żydów z ich domów, Polakom pomagało kilku Niemców, którzy później biernie obserwowali dalszy rozwój wypadków. W mieście znajdowali się wówczas niemieccy żołnierze, a także funkcjonariusze SD, którzy nie reagowali na to, co się działo.
Około 40 Żydów zostało zmuszonych do rozebrania pomnika Włodzimierza Lenina, który stał na rynku w Jedwabnem. Po jego rozebraniu, resztki nakazano Żydom wynieść poza miasto. Tam zostali zabici przez eskortujących ich Polaków.
Do największej zbrodni doszło popołudniu tego samego dnia. Grupa 40 Polaków wyprowadziła około 340 Żydów na obrzeża miasta, gdzie zamknięto ich w stodole, po czym oblano ją naftą i podpalono. Wśród spalonych żywcem Żydów byli dorośli mężczyźni, a także kobiety i dzieci. Majątek zamordowanych został rozgrabiony.
Wcześniejsze relacje mówiły o pogromie około tysiąca osób. Instytut Pamięci Narodowej po ekshumacji zwłok w 2001 ocenił, że ofiar było nie mniej niż 340.
10 lipca 2001 roku, w czasie obchodów 60. rocznicy tragedii prezydent Aleksander Kwaśniewski przeprosił za zbrodnie dokonane w Jedwabnem przez polską ludność.
Część historyków jest zdania, że prace ekshumacyjne w Jedwabnem powinny zostać kontynuowane. Przeprowadzano je w roku 2001, jednak po apelach ze strony społeczności żydowskiej, prace przerwano. Śledztwo w sprawie zbrodni w Jedwabnem zostało wszczęte przez IPN 5 września 2000 r. Konkluzja postępowania brzmi: „Co do udziału polskich cywili w dokonaniu zbrodni, należy przyjąć, iż była to rola decydująca o zrealizowaniu zbrodniczego planu (...). Zasadne jest przypisanie Niemcom, w ocenie prawnokarnej, sprawstwa sensu largo tej zbrodni. Wykonawcami zbrodni, jako sprawcy sensu stricto, byli polscy mieszkańcy Jedwabnego i okolic - mężczyźni, w liczbie co najmniej około 40”.