Po święceniach kapłańskich prowadził katechizację dzieci i młodzieży licealnej w parafii pw. św. Marii Magdaleny w Rabce-Zdroju. Potem ewangelizował w Krakowie, był duszpasterzem studentów, wykładowcą i pisarzem.
W Krakowie poznał też Karola Wojtyłę. Napisał biografie polskiego papieża, towarzyszył Janowi Pawłowi II w wielu pielgrzymkach – w tym do Stanów Zjednoczonych, Niemiec, Portugalii, Tajlandii czy Korei Południowej.
W roku 2005 pojawiły się informacje, że duchowny współpracował z SB. Jak podał w swojej książce "Księża wobec bezpieki" ks. Isakowicz-Zaleski podał, że ks. Mieczysław Maliński był zarejestrowany pod pseudonimem Delta. Duchowny nie przyznał się do współpracy ze Służbami Bezpieczeństwa i zaprzeczał tym informacjom.
Duchowny zmarł wczoraj w Krakowie, w wieku 93 lat. "Zostawił wiele serca. Niech go Serce przygarnie. Mówił dobrze i krótko. Niech w czyśćcu będzie jeszcze króceję" – napisał o ks. Malińskim krakowski duchowny ks. Wojciech Węgrzyniak.
Pogrzeb ks. Malińskiego odbędzie się 24 stycznia w Krakowie. "O godz. 11 Msza u Wizytek, o godz. 13 na cmentarzu Salwatorskim. Przewodniczy kard. Dziwisz" – poinformowano na Twitterze Archidiecezji Krakowskiej.