Decyzję o rezygnacji ze stanowiska generał Tomasz Miłkowski miał podjąć po konsultacji z ministrem spraw wewnętrznych i administracji Joachimem Brudzińskim. "Po wcześniejszych ustaleniach z ministrem Joachimem Brudzińskim, gen. bryg. SOP Tomasz Miłkowski, komendant Służby Ochrony Państwa, złożył rezygnację z zajmowanego stanowiska. Nowego szefa Służby Ochrony Państwa - na wniosek ministra - powoła Prezes Rady Ministrów" – poinformowało MSWiA.
Z ustaleń RMF FM wynika, że powodem dymisji szefa SOP miała być sytuacja do której doszło w ostatnich dniach. Jeden z kierowców służby miał wcześnie rano przyjechać na jedno z warszawskich osiedli po premiera Mateusza Morawieckiego. Funkcjonariusz miał przypadkowo włączyć sygnały dźwiękowe, których nie potrafił wyłączyć. "Hałas obudził mieszkańców zamkniętego osiedla, zaczęli dzwonić na policję. Kierowca z włączonymi syrenami wyjechał z osiedla i przejechał do siedziby jednej ze służb specjalnych, mieszczącej się nieopodal. Tam prosił o pomoc. Gdy wysiadł z pojazdu, limuzyna się zatrzasnęła. Trzeba było ściągnąć specjalną ekipę. Po premiera przyjechał inny samochód" – relacjonuje rozgłośnia.
Generał Tomasz Miłkowski na stanowisko szefa Biura Ochrony Rządu został powołany przez premier Beatę Szydło 26 kwietnia 2017 roku. Po przekształceniu BOR w 2018 roku w Służbę Ochrony Państwa był jej komendantem. Wcześniej, w latach 2016-2017 gen. Miłkowski był Komendantem Wojewódzkim Policji w Krakowie.