Rada Instytutu Politologii UO po wysłuchaniu Patryka Jakiego jednogłośnie poparła wniosek o otwarcie przewodu doktorskiego. Jednak Rada Wydziału Nauk Społecznych stwierdziła, że interdyscyplinarny charakter rozprawy wymaga pewnych korekt i uzupełnień, których wprowadzenie umożliwia zainteresowanemu ubieganie się o otwarcie przewodu doktorskiego. Praca wiceministra sprawiedliwości nosi tytuł „Polski system penitencjarny na tle polityki państwa”.
Rada zatwierdziła jednak prowadzenie zajęć z przedmiotu „Bezpieczeństwo państwa” przez wiceministra sprawiedliwości. Patryk Jaki podkreśla, że w swojej pracy doktorskiej zamierza skupić się m.in. na kwestii zatrudniania więźniów. Jako swój atut wskazał, że ze względu na piastowane stanowisko ma lepszy dostęp do dokumentów źródłowych niż przeciętny badacz tematyki więziennej.