Ryszard Bogucki siedział w więzieniu od 2001 roku. Aresztowano go za zabójstwo Andrzeja K. ps. Pershing. Początkowo prokuratura o podżeganie do zabójstwa gen. Papały oskarżała polonijnego biznesmena Edwarda Mazura. Z kolei o współudział w zabójstwie podejrzewano Ryszarda Boguckiego i Andrzeja Zielińskiego ps. „Słowik”. Tę wersję uprawdopodobniał fakt, że gen. Papała spotkał się z Mazurem na dwie godziny przed swoją śmiercią. Ostatecznie w lipcu 2013 roku Sąd Okręgowy w Warszawie uniewinnił Boguckiego i Zielińskiego od zarzutów w sprawie zabójstwa byłego szefa policji.
Zabójstwo gen. Papały
25 czerwca 1998 roku doszło do jednej z najbardziej tajemniczych zbrodni w historii III RP, która do tej pory nie została wyjaśniona. Gen. Marek Papała został zastrzelony w swoim samochodzie przed domem na warszawskim Mokotowie. W toku śledztwa rozpatrywano aż 11 wersji wydarzeń, ale do dziś nie wiadomo, co tak naprawdę wydarzyło się w tamten wieczór. Sprawca oddał strzał w głowę z pistoletu z tłumikiem, a następnie uciekł z miejsca wypadku.
Zabójstwo gen. Papały kładzie się cieniem na III RP. Przez 18 lat prokuratura rozpatrywała kilkadziesiąt hipotez, przesłuchała kilkaset świadków, aby w ostateczności nie doprowadzić do prawomocnego skazania zabójcy. Z czasem zaczęły pojawiać się jednak informacje, według których śledztwo nie było prowadzone w sposób należyty (zwłaszcza w latach 1998–2009). Warto dodać, że należy ono do najdłużej trwających w całej historii polskiego wymiaru sprawiedliwości. Nie umiały sobie z nim poradzić kolejne rządy, a następni ministrowie składali gołosłowne obietnice. Powołano nawet specjalną jednostkę policji tzw. Grupę Generał, która miała pomóc w rozwiązaniu sprawy, ale to także nie przyniosło oczekiwanego rezultatu. Co więcej, w czerwcu 2016 roku pojawiły się informacje, według których dopuściła się ona manipulacji podczas wyjaśniania zabójstwa.
W kwietniu 2012 roku Prokuratura Okręgowa w Łodzi poinformowała, że zabójstwo gen. Papały było efektem przypadkowego strzału oddanego przez złodzieja samochodów Igora Ł. ps. "Patyk". Według śledczych motywem ataku miała być próba kradzieży należącego do byłego komendanta głównego policji samochodu. Zdaniem śledczych nie ma dowodów, aby było to zabójstwo na zlecenie. Wersja ta spotkała się jednak z krytyką, w której wskazywano m.in. na różne rozbieżności. Proces jednak cały czas trwa, a winnych zabicia byłego komendanta policji do tej pory nie ustalono.