Fijałkowski był malarzem i grafikiem. To doctor honoris causa Akademii Sztuk Pięknych w Łodzi.
Należał do przedstawicieli grupy łódzkich awangardzistów należących do tzw. "Kręgu Strzemińskiego" (m.in. obok Lecha Kunki, Antoniego Starczewskiego i Stefana Krygiera), czyli osób skupionych wokół myśli malarza i wykładowcy Władysława Strzemińskiego.
Był członkiem Międzynarodowego Stowarzyszenia Drzeworytników XYLON, pełnił też funkcję przewodniczącego Polskiej Sekcji tego stowarzyszenia, a od 1990 roku był wiceprezydentem jego Międzynarodowego Zarządu Głównego. Ponadto w latach 1974–1979 był wiceprezesem Polskiego Komitetu AIAP (Association Internationale des Arts Plastiques), należy do Europejskiej Akademii Nauk i Sztuk w Salzburgu oraz do Belgijskiej Królewskiej Akademii Nauki, Literatury i Sztuk Pięknych z siedzibą w Brukseli.
Obrazy Stanisława Fijałkowskiego były pokazywane na blisko 700. wystawach krajowych i zagranicznych.