Inwestycję prowadził Zarząd Dróg Miejskich, który jest podległy prezydent Hannie Gronkiewicz-Waltz. Według NIK, ZDM w niewłaściwy sposób określił wartość zamówienia (na podstawie kosztorysów sporządzonych przez wykonawcę, a nie na podstawie kosztorysu inwestorskiego), co było niezgodne z prawem zamówień publicznych. Zdaniem kontrolerów, w ten sposób doszło do zawyżenia o 375,3 tys. zł wynagrodzenia kosztorysowego wykonawcy w odniesieniu do wartości robót.
Dodatkowo NIK wytknął stołecznym urzędnikom 53-dniowe opóźnienie w ujęciu w księgach rachunkowych dwóch faktur na roboty budowlane wartości ponad 10,5 mln zł, co stanowi naruszenie ustawy o rachunkowości. NIK zarzuca też ZDM brak odpowiedniego nadzoru nad inwestycją, co miało doprowadzić m.in. do zaciągnięcia zobowiązania na kwotę niemal 10 mln zł z tytułu robót budowlanych, na które realizator nie miał środków w planie finansowym.
Według urzędników błędy wynikały z pośpiechu podczas prac remontowych. Jak tłumaczyli kontrolerom NIK, ZDM starał się, aby most Łazienkowski jak najszybciej został oddany do użytku.