Zaleski nadwyrężył bowiem to, co byłem sednem władzy RP na uchodźstwie, a mianowicie prawowitość kontynuacji władz II Rzeczypospolitej. W 1947 r. przejął po prezydencie Edwardzie Raczkiewiczu urząd prezydenta na uchodźstwie mimo wcześniejszej nominacji Tomasza Arciszewskiego, co doprowadziło do podziałów, a przede wszystkim pozostał na urzędzie po ukończeniu swej siedmioletniej kadencji, wbrew polskiej konstytucji z 1935 r., którą wciąż kierował się rząd na uchodźstwie.
Część środowiska polonijnego, z generałem Andersem na czele, wypowiedziała mu wówczas posłuszeństwom, a tą nieciekawą sytuację zakończyła dopiero po latach śmierć samego Zaleskiego w 1972 r. Mianowany przezeń Stanisław Ostrowski (1892-1972), były prezydent Lwowa, postać powszechnie szanowana, trzymał się z powrotem zasady siedmioletniej kadencyjności, co też uczynił jego następca, Edward Raczyński. Raczyńskiego zastąpił z kolei Kazimierz Sabbat, który zmarł w drugim roku swej kadencji w 1989 r. Po nim, ostatnim prezydentem na uchodźstwie został Ryszard Kaczorowski, który w grudniu 1990 r. przekazał insygnia władzy prezydenta II Rzeczypospolitej Lechowi Wałęsie, wygasiwszy wcześniej rząd na uchodźstwie. Uroczyście sprowadzeni do Ojczyzny i pochowani z udziałem najwyższych władz państwowych Raczkiewicz, Zaleski i Ostrowski wypełnili zatem przeszło dwie trzecie okresu władz Rzeczypospolitej na emigracji od września 1939 r. do 1990 r., z czego aż ćwierć wieku przypada na samego Zaleskiego.