Solidarnościowa opozycja utrzymywała, że Pyjas zmarł w wyniku pobicia przez funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa, z kolei komunistyczna prokuratura stwierdziła, że student poniósł śmierć w wyniku upadku ze schodów, a w momencie wypadku był pod znacznym wpływem alkoholu.
W 2010 roku dokonano ekshumacji zwłok Stanisława Pyjasa. Jako przyczynę śmierci określono upadek z wysokości co najmniej siedmiu metrów, a także, że student był wówczas pod wpływem alkoholu, nie stwierdzono śladów pobicia ani postrzelenia. Nie wiadomo jednak, czy w zdarzeniu nie brały udziału osoby trzecie.
Obecnie sprawą zajmuje się krakowski pion śledczy IPN-u.
Po śmierci Stanisława Pyjasa w Krakowie narodził się Studencki Komitet Solidarności, którego celem było utworzenie autentycznej i niezależnej organizacji studenckiej. Tworzący go młodzi ludzie przyjęli na siebie ciężar działalności antykomunistycznej. Wkrótce ich śladem poszli studenci z kilku innych miast w Polsce.