W 2018 r. prof. Ewa Budzyńska prowadziła zajęcia pt. Międzypokoleniowe więzi w rodzinach światowych. Dotyczyły one różnic kulturowych w rodzinach wyznawców różnych religii. Po zajęciach dotyczących rodziny w świetle nauki chrześcijańskiej, grupa studentów złożyła do władz uczelni skargę na prof. Ewę Budzyńską. Nie spodobało im się m.in. nazwanie człowieka w prenatalnej fazie rozwoju dzieckiem czy pokazanie badań wykazujących negatywny wpływ opieki żłobkowej na rozwój dzieci. Studentów zbulwersowało także przedstawienie definicji małżeństwa jako związku kobiety i mężczyzny. Sprzeciwili się też prezentacji wyników badań pokazujących skutki pozostawania dzieci w konkubinatach jednopłciowych. Ich protest dotyczył również krytycznego stosunku prof. Budzyńskiej do eutanazji oraz jej domniemanego antysemityzmu, który miał się objawiać w przytoczeniu dowcipu zaczerpniętego z kultury żydowskiej.
W związku ze skargą, Rzecznik Dyscyplinarny Uniwersytetu Śląskiego prof. Wojciech Popiołek przeprowadził postępowanie wyjaśniające. Jego efektem było skierowanie do Uczelnianej Komisji Dyscyplinarnej wniosku o wszczęcie postępowania dyscyplinarnego i ukaranie prof. Budzyńskiej karą nagany. Przy czym rzecznik uznał za niezasadny zarzut antysemityzmu oraz prezentowania "informacji niezgodnej z aktualnym stanem naukowym". W trakcie postępowania wyjaśniającego dochodziło do nieprawidłowości, takich jak okazanie świadkowi protokołu z zeznaniami poprzednika. Z kolei drugiemu z przesłuchiwanych studentów rzecznik okazał notatkę sporządzoną przez innego świadka z zestawieniem rzekomych wypowiedzi prof. Ewy Budzyńskiej i spytał, czy potwierdza jej treść. Przesłuchiwanym studentom wydawane były też protokoły z ich zeznaniami, a następnie wyprowadzono wniosek o prawdziwości ich zeznań. W toku całego postępowania przesłuchano tylko czterech studentów spośród 12, którzy złożyli skargę. Od pozostałych osób, które podpisały skargę na prof. Budzyńską, odebrano jedynie oświadczenia, że potwierdzają to, co w niej zostało napisane. Nie doszło też do przesłuchania pozostałych uczestników zajęć. Pomimo niewielkiego zakresu czynności przeprowadzonych w toku postępowania wyjaśniającego, został przekroczony sześciomiesięczny termin, w którym rzecznik powinien je zakończyć. Nie została wykonana również tak istotna czynność procesowa, jak formalne przedstawienie zarzutów prof. Budzyńskiej.
Sprawa prof. Ewy Budzyńskiej
W toku postępowania dyscyplinarnego doszło natomiast do niejasnej zmiany całego składu orzekającego komisji, w tym wykluczenia członka NSZZ "Solidarność". Komisja oddaliła również wszystkie wnioski dowodowe złożone przez obrońców prof. Budzyńskiej, przeprowadzając wyłącznie dowody zgłoszone przez oskarżyciela dyscyplinarnego – prof. Wojciecha Popiołka.
Aby doprowadzić do rzetelnego ustalenia stanu faktycznego – jaki był przebieg zajęć i co naprawdę na nich mówiła prof. Budzyńska – obrona składała liczne wnioski dowodowe, m.in. o przesłuchanie wszystkich studentów, którzy podpisali skargę, a także tych, którzy skargi nie podpisywali. Komisja jednak oddaliła wszystkie wnioski dowodowe obrony, przeprowadzając wyłącznie dowody zgłoszone przez Rzecznika Dyscyplinarnego, prof. Wojciecha Popiołka.
W tamtym czasie, ze względu na skalę przypadków naruszania wolności wypowiedzi na polskich uczelniach, podjęto prace nad nowelizacją ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, która miała wzmocnić ochronę wolności prezentowania poglądów i wyników badań naukowych oraz zapewnić skuteczne mechanizmy jej przestrzegania. Założenia projektu w dużym stopniu były zbieżne z propozycjami przedstawionymi wcześniej przez Instytut Ordo Iuris. Projektowana nowelizacja, oprócz wzmocnienia gwarancji wolności akademickiej, zakładała także umorzenie wszystkich trwających postępowań wyjaśniających i dyscyplinarnych wszczętych z ideologicznych pobudek. Zatem efektem wejścia w życie zaproponowanej przez Ministerstwo Edukacji i Nauki ustawy miało być umorzenie chociażby postępowania dyscyplinarnego prof. Ewy Budzyńskiej.
Komisja Dyscyplinarna i Rzecznik Dyscyplinarny wyraźnie z tego powodu dążyli do jak najszybszego zakończenia postępowania prof. Budzyńskiej. Świadczy o tym nie tylko oddalenie istotnych wniosków dowodowych obrońców prof. Budzyńskiej, a także to, że na przeprowadzenie ostatniej rozprawy zdecydowano się w warunkach najwyższego poziomu zagrożenia epidemiologicznego, ogłoszonego na uczelni zarządzeniem rektora UŚ. Wówczas wszystkie inne wydarzenia na uniwersytecie zostały odwołane. Uczelnia pracowała w formie zdalnej, z wyjątkiem jednostek koniecznych do zachowania ciągłości funkcjonowania. Ostatecznie, do wniosku o ukaranie socjolog przychyliło się dwóch z trzech członków organu orzekającego. Jeden z członków złożył zdanie odrębne. Prof. Ewa Budzyńska została ukarana naganą.
Kolejna decyzja ws. prof. Budzyńskiej
Instytut Ordo Iuris złożył odwołanie od tej decyzji do Komisji Dyscyplinarnej przy ministrze edukacji. Komisja odwoławcza uznała, że wypowiadanie się na temat aborcji, eutanazji, skłonności seksualnych czy modelu rodziny nie może być uznane za przewinienie dyscyplinarne. W związku z tym, orzeczenie skazujące prof. Budzyńską zostało uchylone, a postępowanie dyscyplinarne umorzono. Ponadto, zdaniem komisji drugiej instancji, w związku z postępowaniem wobec prof. Ewy Budzyńskiej, doszło do naruszenia wolności słowa i tolerancji dla różnych poglądów, które powinny być respektowane na każdej uczelni.
Prof. Wojciech Popiołek złożył od orzeczenia drugiej instancji apelację do sądu apelacyjnego. Obrońcy prof. Budzyńskiej z Instytutu Ordo Iuris w odpowiedzi na nią zarzucili jej bezzasadność. Zawnioskowali też o wyłączenie Rzecznika Dyscyplinarnego prof. Wojciecha Popiołka ze względu na uzasadnione wątpliwości co do jego bezstronności. Wskazywało na to stanowisko komisji odwoławczej. Taki sposób prowadzenia wobec prof. Ewy Budzyńskiej postępowania wyjaśniającego przez Rzecznika Dyscyplinarnego prof. Wojciecha Popiołka i postępowania dyscyplinarnego przez Komisję Dyscyplinarną Uniwersytetu Śląskiego, określili jako naruszający "elementarne zasady bezstronności". Obrońcy zwrócili też uwagę na brak organizacyjnego i personalnego rozdzielenia sekretariatu Uczelnianej Komisji Dyscyplinarnej orzekającej w sprawie w pierwszej instancji i Rzecznika Dyscyplinarnego, występującego w sprawie jako strona postępowania. Z pisma zaskarżającego orzeczenie drugiej instancji oczyszczające z zarzutów prof. Ewę Budzyńską, złożonego przez Rzecznika Dyscyplinarnego prof. Wojciecha Popiołka, wynikało bowiem, że nie tylko adres do doręczeń w obu przypadkach jest tożsamy, ale Rzecznik Dyscyplinarny, czyniąc zadość wymogom formalnym pisma procesowego do Sądu Apelacyjnego w Warszawie, jako swój adres do korespondencji wskazał numer telefonu i adres mailowy pracownika sekretariatu, który na wcześniejszym etapie postępowania zajmował się obsługą sekretariatu z ramienia Komisji Dyscyplinarnej, która w pierwszej instancji ukarała prof. Ewę Budzyńską. Przekładając taką sytuację na realia postępowania karnego – niedopuszczalne byłoby posiadanie wspólnego zaplecza administracyjnego przez prokuraturę i sąd. Wtedy podział na organ orzekający oraz strony postępowania byłby fikcyjny, skoro jedna ze stron związana jest tak ściśle z organem orzekającym, że nie posiada nawet odrębności organizacyjnej.
Sąd Apelacyjny w Warszawie odrzucił wniosek o wyłączenie prof. Wojciecha Popiołka oraz nakazał ponowne rozpatrzenie sprawy prof. Ewy Budzyńskiej przez Komisję Dyscyplinarną przy ministrze edukacji. W ocenie sądu, komisja drugiej instancji nie rozpoznała istoty sprawy prof. Budzyńskiej.
Po ponownym rozpatrzeniu odwołania od orzeczenia Komisji Dyscyplinarnej UŚ, komisja ministerialna stwierdziła, że prof. Budzyńska popełniła delikt dyscyplinarny, ale odstąpiła od wymierzania jakiejkolwiek kary dyscyplinarnej. Od tego orzeczenia zdanie odrębne złożył jeden z członków trzyosobowego składu orzekającego z uwagi na wątpliwości co do możliwości w ogóle przypisania popełnienia zarzucanych profesor czynów, czyli co do tego, czy w ogóle można mówić o przewinieniu dyscyplinarnym w jej przypadku.
– Nauczyciel akademicki, prowadząc działalność naukową, nie może kierować się strachem, że odmowa poddania wyników swoich badań naukowych ideologicznej cenzurze, może doprowadzić do przekreślenia całej jego kariery naukowej i okupionego ciężką pracą dorobku naukowego. Bez faktycznego zagwarantowania pracownikom naukowym wolności prezentowania poglądów i wyników badań naukowych oraz swobody wypowiedzi nie może być mowy o postępie w nauce. Utrzymanie w mocy orzeczenia stwierdzającego, że prof. Ewa Budzyńska dopuściła się swoim zachowaniem przewinienia dyscyplinarnego, zarówno w ocenie pani profesor, jak i jej obrońców stanowi niebezpieczny precedens. W związku z tym, pomimo odstąpienia od kary przez komisję odwoławczą, w imieniu prof. Ewy Budzyńskiej prawnicy Instytutu Ordo Iuris skorzystają z prawa do zaskarżenia prawomocnego orzeczenia do Sądu Apelacyjnego w Warszawie – skomentowała orzeczenie adw. Magdalena Majkowska, która broni prof. Budzyńskiej od początku postępowania.