W komunikacie zamieszczonym na stronie Instytutu Pamięci Narodowej poinformowano, że dziennikarka „Tygodnika Powszechnego” skierowała do Instytutu następujące pytanie: „W związku z przygotowywanym artykułem chcę zapytać o udział Dyrektora Biura Edukacji Narodowej w II Kongresie Ojca Pio. Co IPN ma wspólnego z Ojcem Pio i czy oficjalny udział urzędnika państwowego w wydarzeniu religijnym jest zgodny z konstytucyjną zasadą rozdziału państwa i Kościoła?”
Instytut Pamięci Narodowej udzielając dziennikarce odpowiedzi, podkreślił, że "Rzeczpospolita Polska jest wolnym krajem, w którym wszyscy obywatele w czasie niezwiązanym z pracą zawodową mogą robić to, co uważają za słuszne lub potrzebne, oczywiście z wyłączeniem działań niegodnych lub stawiających w złym świetle instytucję, w której dana osoba jest zatrudniona".
"W związku z powyższym stwierdzamy, że ojciec Pio, zwany świętym z Pietrelciny, nie jest w naszym przekonaniu osobą niegodną lub zagrażającą dobremu imieniu Instytutu Pamięci Narodowej. Mamy nadzieję, że Redakcja „Tygodnika Powszechnego”, odwołująca się do nauki społecznej Kościoła Katolickiego, podziela takie stanowisko" – czytamy w odpowiedzi udzielonej dziennikarce.