Wojtunik odszedł z CBA 1 grudnia 2015 roku po tym, gdy ABW wszczęła postępowanie ws. tzw. certyfikatów bezpieczeństwa. Służba podejrzewała, że Wojtunik mógł ujawnić informacje o rozpracowywaniu Jana Burego, posła PSL, Elżbiecie Bieńkowskiej, ówczesnej wicepremier. W związku z postępowaniem ABW, b. szef CBA został odsunięty od informacji o charakterze niejawnym. Wojtunik uznał więc, że jego dalsza praca byłaby "farsą i fikcją" i odszedł ze stanowiska.
Chociaż minął już rok, to ABW cały czas prowadzi wobec b. szefa CBA "kontrolne postępowanie sprawdzające". Wojtunik uznał jednak, że jest to zemsta polityczna, a samo działanie bezpodstawne. W związku z tym złożył do Prokuratury Okręgowej w Warszawie zawiadomienie o podejrzeniu popełnienie przestępstwa przez obecnego szefa ABW Piotra Pogonowskiego i przez "innych nieustalonych funkcjonariuszy publicznych".
Prokuratura odmówiła jednak wszczęcia postępowania, ponieważ według niej brak jest znamion czynu zabronionego.